商标侵权纠纷可以仲裁。商标侵权纠纷属于平等主体之间的财产权益纠纷，可以申请仲裁，但当事人之间必须达成仲裁协议，才能根据仲裁协议向仲裁机构进行申请。
【法律依据】
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
第三条
下列纠纷不能仲裁:
（一）婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷；
（二）依法应当由行政机关处理的行政争议。
第二十一条
当事人申请仲裁应当符合下列条件:
（一）有仲裁协议；
（二）有具体的仲裁请求和事实、理由；
（三）属于仲裁委员会的受理范围。
第二十二条
当事人申请仲裁，应当向仲裁委员会递交仲裁协议、仲裁申请书及副本。
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